Lindebøskauen skole startet opp i 1997 som en avdeling av Flekkerøy skole. Rektor Tørres Akselsen hadde da ansvar for både barneskole og ungdomskolen frem til han sluttet i 1997. Lindebøskauen skole hadde i 1997 ca 90 elever fordelt på 8.-10. trinn.
I 2005 hadde Lindebøskauen skole 149 elever fordelt på 3 årstrinn. Det ble anslått at skolens videre elevgrunnlag ble fastlagt til å være økende. Skolen ble derfor i 2007 ombygd og tilbygd med fokus på ny organisering av bygningsmassen i forhold til nye undervisningsformer - med basis i L97.
Skolen fikk 3 stk baser (læringsavdelinger) som ble etablert rundt et overdekket atrium i søndre del, som rommet skolens nye bibliotek. Den ene basen ble liggende i den ombygde del av eksisterende bygning, mens de to andre lå i nybygget. Hver base besto av teamrom, som er arbeidsrom for lærere, elevgarderobe til hvert trinn, samt ulike større og mindre undervisningsrom. Det ble vektlagt utstrakt bruk av glassvegger, for visuell kontakt.
Videre rommet nordre nybygg musikkrom med amfi, verksted, lagre og fasiliteter for Fritidsetaten. Musikkrommets nedre nivå er et sceneområde som kan åpnes mot et tilstøtende bakenforliggende rom via foldevegg. Det tilstøtende rommet disponeres av Fritidsetaten til klubben hver onsdag, torsdag og fredager. På dagtid brukes musikkrommet til større plenumssamlinger.
Ut i fra fokus på elevers læring og behov for trygge omgivelser med faste ordninger, medført dette at man i 2014 hadde et behov for å gjøre nødvendig justeringer av skolens utbygning fra 2005. Dette medførte at man lukket igjen et av de åpne tilknytningsrommene slik at man fikk to lukkede klasserom i baseområde 2 i tillegg til det allerede lukkede
rommet. I 2017 ble det gjort samme justeringer i baseområde 1.
Skolen
har i dag 197 elever som er fordelt jevnt på de 3 trinnene. Det er nå 25 ansatte på skolen, og vi opplever en jevn økning fremdeles i elevtallet. Skolen opplever også at elever utenfor skolens nærområde på øya søker seg til skolen, og dette ser vi på som en svært positiv tillitserklæring på det arbeidet som blir gjort på skolen. Vi etterstreber hele tiden å arbeide etter skolens visjon - stø kurs i trygt farvann.